体育学院的前身为广州海运学校体育组，随着学校的变迁，1992年，广州航海高等专科学校基础部体育教研室成立，2016年3月，独立设置的公共体育教学部成立。2024年6月，为适应学校高质量发展需要，公共体育教学部更名为体育学院。

学院承担着全校体育教学与科研、运动训练与竞赛、阳光体育活动、大学生体质健康测试和促进、体育场馆的管理等工作职能。学院内设航海体育课、体育选项课两个教研室，是学校航海体育研究中心的依托单位。现有教职工38人，专任教师中有教授4人、副教授7人；教师中拥有博士学位3人、硕士学位15人；现有国家级裁判7名；国际健将1人，校级教学名师2人。

多年来，学院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持“健康第一”“终身体育”的教育理念，推动我校学生文化学习和体育锻炼协调发展，帮助学生在体育锻炼中增强体质、健全人格、锤炼意志，为培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人做出了积极的贡献。学院先后获得校级先进基层党组织和校级党建标杆院系，校级年度教学优秀单位等荣誉。

结合学校办学特色，按照健康知识+基本运动技能+专项运动技能的体育教育模式，按照“一校多品”的学校体育模式，重点开展了龙舟、定向越野、游泳等与航海教育紧密相关的体育课程和运动项目，形成了我校体育的航海特色。

根据我校办学条件和人才培养目标，学院坚持“以人为本，健康第一”的指导思想，构建了“航海体育课+体育选项课+运动健康类通识课+课外体育锻炼”的多元课程体系，确保体育教学四年不间断。面向航海类专业，结合专业特点开设了航海体育课，教学内容主要有滚轮、浪木、旋梯、爬绳、爬杆、爬绳梯、龙舟、皮划艇、桨板、蛙泳、自由泳、仰泳、潜泳、实用游泳、实用跳水等15项；面向非航海类专业，开设了体育选项课，教学内容主要有足球、篮球、排球、气排球、羽毛球、乒乓球、网球、定向越野、游泳、龙舟、健美操、体育舞蹈、健身健美、形体训练、街舞、拳击与散打、长拳、太极拳、太极剑、太极扇、初级剑、南拳、跆拳道、瑜伽、毽球、中国风健身舞蹈等26项；面向全校学生，开设了运动健康类通识课，主要有：运动与健康、体育文化与欣赏、运动处方、身体美与塑造等课目。在教学中，鼓励和提倡教师创新和改革体育教学方法，积极开展体教融合和课程思政建设，强化体育的育人功能。课程建设成绩斐然，航海体育课、体育选项课—小球模块为校级精品资源共享课程；体育文化与欣赏为校级优质课程建设；体育舞蹈为在线开放课程。

组建了龙舟、定向越野、足球、篮球、排球、乒乓球、羽毛球、游泳、田径、武术、健美操、体育舞蹈等十多支校级运动队。坚持以竞赛为杠杆，举办多层次、多形式的学生体育竞赛，激发学生参加体育锻炼的热情和兴趣。科学开展课余训练，积极参加各级各类大学生体育竞赛，2017年以来，共获得了331个奖项，其中，金牌42块、银牌32块、铜牌32块；特等奖6项、一等奖21项、二等奖25项、三等奖6项。通过运动竞赛弘扬了奥林匹克精神，充分的展示了我校的办学水平，提升了学校知名度。

一直以来，学院始终致力于帮助学生在体育锻炼中“享受乐趣、增强体质、健全人格、锤炼意志”，加强校园体育文化建设。每年组织课外阳光长跑活动和校园体育文化节。体育文化节比赛项目有大学生乒乓球、羽毛球、足球、篮球、排球、定向越野、健美操、武术比赛和体育文化展。每年负责主办学校田径运动会、水上运动会，同时，推动各二级学院组织学院内体育竞赛，组织落实体教融合，努力做到教会-勤练-常赛，在丰富的校园体育文化生活中，培养学生的爱国主义、集体主义精神。